В новом сезоне ситуация в элитной школе-пансионе «ЛОГОС» накаляется до предела. Пребывание здесь с каждым днем становится все более опасным: после мощного взрыва, который произошел в подземелье, здание школы может обрушиться в любой момент, а в самом пансионе с неимоверной скоростью распространяется смертельный вирус. Территорию вокруг «ЛОГОСА» оцепляют военные и объявляют ее зоной карантина. Однако никакие меры предосторожности не помогают — инфицированных становится все больше, а вакцины нет. Каждый день для обитателей школы превращается в борьбу за выживание. И, кажется, что помощи ждать неоткуда.

Ситуацию в школе пытается контролировать ее бывший директор Виктор Поляков(Антон Хабаров). Вместе с остальными учителями он намерен добраться до вакцины, запасы которой находятся в подземелье. Однако сделать это не так-то просто, ведь после взрыва все подвальные помещения завалены, а время работает  против наших героев.

Среди заложников сложившейся  ситуации оказываются и старшеклассники Андрей (Алексей Коряков), Максим (Павел Прилучный), Даша (Агата Муцениеце), Вика (Татьяна Космачева), Лиза (Анна Андрусенко) и Рома (Игорь Юртаев). Тяжелее всех приходится Андрею, который ничего не знает о судьбе своих родителей и младшей сестренки. Семья Андрея осталась под завалами в подземелье, и теперь он готов на все, чтобы спасти своих родных. Верные друзья Андрея во всем ему помогают.

А между тем старая усадьба, на территории которой расположена школа, загадывает нашим героям новые загадки. В одном из школьных коридоров ученики находят тайный ход в странное помещение. Ребята пытаются раскрыть секреты этой неизвестной, манящей своей таинственностью, комнаты. Только на этот раз они не одни — им помогает Леша (Александр Асташенок), студент строительного ВУЗа. Леша приехал в школу за своей младшей сестрой, но был вынужден остаться в зоне карантина. Дух приключений и тайны прошлого сразу же захватывают молодого человека. Вместе со своим новыми друзьями он намерен во что бы то ни стало выяснить всю правду об этой непонятной и завораживающей комнате.

Пройдет немало времени, прежде чем ребятам удастся раскрыть все секреты своей тайной находки и понять, что иногда прошлое может быть неразрывно связано с настоящим.

Но не только вопросы выживания и загадочные расследования волнуют наших героев. Андрей очень переживает из-за своей девушки Даши, которая получила серьезную травму и после длительного отсутствия вернулась в школу в инвалидной коляске. Молодой человек всячески пытается наладить отношения с любимой, но Даша отказывается идти на контакт. Она избегает Андрея и своих друзей, так как уверена, что кто-то из ребят пытался ее убить. Теперь девушка твердо намерена выяснить имя предателя. Этого очень боится Рома, ведь именно из-за него Даша оказалась прикованной к инвалидной коляске. Проверку на прочность проходят и чувства Максима и Лизы. Максим скрывает от Лизы страшную новость, которую он недавно узнал о себе. Не желая причинять любимой боль, он разрывает с ней отношения. Лиза не сразу узнает об истинной причине их разрыва. Кажется, только в личной жизни Вики все налаживается. Ей начинает симпатизировать Леша. Молодые люди проводят все больше времени вместе. Но вскоре Вика понимает, что не готова к новым отношениям, так как все еще испытывает чувства к Максиму.

Во взаимоотношениях взрослых обитателей школы не меньше драмы. Мать Максима, Мария Вершинина (Юлия Агафонова), переживает из-за разлуки с поваром Володей(Прохор Дубравин),который заражен смертельным вирусом и вынужден сидеть в изоляторе вместе с остальными инфицированными. Виктору все сложнее сдерживать свои чувства к новому врачу школы, вирусологу Ларисе Одинцовой (Евгения Лоза). Он не подозревает, что ее связывает общее прошлое с майором Раевским (Олег Масленников-Войтов) – военным, оказавшимся случайно на территории школы. Не все гладко и в отношениях бывших преподавателя физкультуры Павла Лобанова (Михаил Сафронов) и завуча школы Елены Крыловой (Ксения Энтелис). Павел всячески пытается уберечь Елену от Вадима Уварова (Петр Кислов) – агента тайной организации, которая стоит за многочисленными преступлениями, совершенными в стенах школы и за ее пределами. Однако Елена не верит Павлу. Она уверена в искренности раскаяния Вадима.

На протяжении всего сезона обитатели школы «ЛОГОС» вынуждены балансировать на грани жизни и смерти. В условиях, когда каждый день может стать последним, все чувства и эмоции обостряются до предела. На пути героев постоянно появляются новые опасности. И когда кажется, что зло повержено навсегда, выясняется что враг намного сильнее.  Очень скоро герои поймут, что их жизнь в их собственных руках и никакие мистические силы не способны им помочь.

Удастся ли нашим героям найти средство от смертельно вируса, победить зло и выбраться живыми из школы? Кто из них выживет, а кому не суждено дойти до конца? Ответы на все эти вопросы в новом сезоне нашумевшего телесериала «Закрытая школа».